Die zweite Mannschaft (bis 2005: FC Bayern München Amateure, seitdem: FC Bayern München II) ist ebenfalls eine Profimannschaft und spielte von der Saison 2008/09 bis zur Saison 2010/11 in der 3. Liga.
In der Saison 2010/11 stand der Abstieg in die Regionalliga schon einige Spieltage vor Saisonende fest. Betreut wird das Team derzeit von Andries Jonker als Trainer sowie Gerd Müller und Rainer Ulrich als Co-Trainern, Torwarttrainer ist Walter Junghans.
1983 und 1987 erreichten die Bayern-Amateure jeweils das Endspiel um die Deutsche Amateurmeisterschaft. Bei der Einführung der Regionalligen als dritthöchste Spielklasse 1994 war man direkt für die Regionalliga Süd qualifiziert und spielte in dieser Liga bis 2008, als durch einen achten Platz die Qualifikation für die neugegründete 3. Liga gelang, deren Premierensaison man 2008/09 als Fünfter beendete. In der Saison 2003/04 gewannen die Bayern-Amateure mit Spielern wie Zvjezdan Misimović, Piotr Trochowski und Paolo Guerrero die Meisterschaft in der Regionalliga Süd.
Für den DFB-Pokal waren die Bayern-Amateure mehrmals qualifiziert, erreichten in der Saison 1993/94 das Achtelfinale sowie 1994/95 und 2004/05 sogar das Viertelfinale, wobei u. a. die Bundesligisten Werder Bremen, VfB Stuttgart, 1. FC Köln und Borussia Mönchengladbach besiegt wurden.
Immer wieder schafften Spieler der zweiten Mannschaft den Sprung in den Kader der Profimannschaft und wurden später Stammspieler, so u. a. Markus Babbel, Philipp Lahm, Owen Hargreaves, Bastian Schweinsteiger oder in jüngerer Zeit Holger Badstuber und Thomas Müller.
Eine dritte Mannschaft gibt es bei Bayern München nicht.